หลังจากที่พระบิดาของพระองค์สิ้นพระชนม์ เออแฌน ได้สืบพระอิสริยยศเป็น 'เจ้าชายที่ 11 แห่งลีญ โดยเมื่อปี พ.ศ. 2483 การทหารของเยอรมนี (แก้ความกำกวม) ได้บุกรุกเบลเยียม พระองค์ได้ทรงร่วมรบในครั้งนี้โดยทรงเป็นผู้คุมทหารแถมหน้า และเมื่อพระองค์ปลดประจำการแล้วนั้น รัฐบาลเบลเยียมได้เห็นถึงพระภาระที่ทรงทำแก่งเบลเยียมนั้นมีมากมาย รัฐบาลเบลเยียมจึงทูลเชิญพระองค์และครอบครัว ไปประทับ ณ ปราสาทแชทอล เดอ บีลอย ซึ่งในอาณาเขตของปราสาทนั้นเป็นที่หลบพักพิงของเด็กชาวยิวที่หนีจากสงครามในครั้งนั้น โดยพระองค์และพระชายาได้รับการถวายพระเกียรติยศจาก พระราชวงศ์เบลเยียม รัฐบาลเบลเยียม ประชาชนเบลเยียม โดยการให้ทรงดำรงตำแหน่ง ฑูตประจำประเทศอินเดีย และประเทศสเปน